V osvobozené republice byla ČSL obnovena jako jediná nesocialistická strana v Čechách. Na nátlak Sovětů a komunistů byly pravicové strany vyřazeny z politického kolbiště. ČSL se dostala do většinového sevření levicových stran v komunisty vytvořené Národní frontě a byla nucena s nimi spolupracovat na budování rozvrácené republiky. Většina členů lidové strany se však odmítala smířit s nepřáteli demokracie a křesťanství, tj. komunisty, a tolerovat jejich stále stupňovanou politickou aroganci. Bývalí členové křesťanských odborů byly roztrpčeni jejich zapojením do ROH a právem poukazovali na umožnění vlivu komunistické propagandy na dělnictvo. Za líbivými frázemi komunistických projevů o národním smíření se stále více ozýval tón o vedoucí roli KSČ ve společnosti. V ČSL se proto během r. 1946 postupně rozšiřoval okruh těch, kteří žádali rozhodné vystoupení proti nastupující komunistické totalitě. Ve vedení strany zastávalo tuto pozici především "mladé křídlo", obohacené o nové členy ČSL. Patřili k němu místopředseda ČSL dr. Adolf Procházka, dále pak novináři a poslanci dr. Ivo Ducháček, dr. Bohdan Chudoba, Pavel Tigrid, Eduard Fusek, zemědělští odborníci Rostislav Sochorec a Stanislav Broj. Nejpopulárnější osobností z protikomunistického křídla se stala dr. Helena Koželuhová, oblíbená novinářka a mluvčí lidoveckých shromáždění.
Vedle odvážných poslanců lidové strany, kteří se jako jediní z poslanců odvážili dotknout zapovězených témat (např. zabrání Podkarpatské Rusi Sovětským svazem), byli to hlavně lidovečtí novináři, kteří se zapsali na černou listinu komunistických sekretariátů. Na stránkách Obzorů, Vývoje a Lidové demokracie ukazovali pravou tvář komunistů (např. skandál s článkem o paktu Hitlera s SSSR), a proto byli postihováni častými cenzurními zásahy komunistického ministerstva informací. Další důležitou protikomunistickou silou v ČSL byla studentská obec pod názvem "Lidoví akademici" v čele s poslanci Mg. Synkem, Mg. Hertem a místopředsedou F. Uhlem. Na fakultách vysokých škol měli silné pozice a vnášeli do ČSL aktivní, reformní politiku. Lidovečtí politici a poslanci vystupovali proti komunistickým návrhům omezení demokratických práv v připravované ústavě, proti znárodňování konfiskátů, revizi první pozemkové reformy, milionářské dávce, zavedení jednotné školy a jednotné mládežnické organizace. Zvláště byla ČSL proti nové pozemkové reformě, která se bezprostředně dotýkala majetku církve a významné části stoupenců lidové strany. Zemědělští odborníci, poslanci ČSL, se stavěli proti pokusům komunistů pomocí státních intervencí vytvořit hospodářské předpoklady k socializaci vesnice. Bohužel část zemědělců neprohlédla líbivou politiku KSČ při drobení zemědělské půdy a nerentabilní malá hospodářství se stala později snadnou kořistí komunistických kolchozů.
Ve volbách r. 1946 zvítězili komunisté se 40 %, ČSL získala 20 % hlasů. Výsledek voleb byl pro ČSL určitým zklamáním a potvrdil komunistické plány na změnu společnosti. Projevily se důsledky vlivu SSSR po vítězství nad fašismem, komunistického vlivu v rozvráceném pohraničí a ve znárodněném průmyslu, slibů o zachování národního socialismu a soukromého sektoru na vesnici a v drobném podnikání, ale i obavy obyvatelstva ze zásahu sovětského vojska v případě prohry komunistů. Komunisté také získali hlasy většiny dělnictva jako důsledek zákazu nekomunistických odborových organizací. Vítězství komunistů se odrazilo i v dalším vývoji lidové strany. Vyloučení dr. Heleny Koželuhové z ČSL ukázalo meze protikomunistického ostří. Otevřel se větší prostor pro zastánce dohody s KSČ. Komunisté již od začátku r. 1946 prostřednictvím infiltrovaných konfidentů v sekretariátech ČSL měli přehled o situaci v lidové straně a připravovali převzetí moci nastrčenými osobami.
Svoje volební vítězství si chtěli komunisté pojistit v připravované ústavě. Boj o demokratickou ústavu se stal hlavním bodem rozkolu mezi demokratickými stranami a komunisty. Zvláště právníci lidové strany se zasazovali o zakotvení zásad pluralitního politického systému v budoucí ústavě a odmítali jednotnou kandidátku politických stran. Když komunisté pokračovali v obsazování klíčových pozic ve Státní bezpečnosti a armádě svými lidmi, odmítly se demokratické strany účastnit neproduktivního zasedání vlády. Demise ministrů Čs. strany lidové v únoru 1948 ukázala, že již není kam ustupovat. Víra v demokratické řešení vládní krize v intencích předmnichovské republiky se však ukázala zcela lichou. Komunisté se odmítli podřídit usnesení vládní většiny o zastavení čistek v policii a během vládní krize za pomoci Státní bezpečnosti uskutečnili státní převrat. V den, kdy prezident Beneš přijal demisi, rozhodl se Ústřední výbor ČSL pro násilnosti páchané akčními výbory NF ukončit veřejnou stranickou činnost. Zároveň byli ze strany vyloučeni poslanci Alois Petr a Josef Plojhar za aktivní spolupráci s komunisty. Jan Šrámek prohlásil, že za těchto okolností nemůže vést stranu a každému členu dává na zvážení, jak se má zachovat v době komunistického bezpráví. Došlo v podstatě k rozpadu ČSL a zničení její ideové základny, na které byla založena. J. Plojhar a A. Petr nedbali usnesení předsednictva a za pomocí akčního výboru převzali vedení lidovecké tiskárny a Ústředního sekretariátu ČSL.
V nastalém zmatku v nejbližších měsících ze 46 poslanců ČSL jich 10 opustilo zemi, 12 bylo uvězněno a z toho 4 umučeni nebo popraveni (Stanislav Broj, Rostislav Sochorec, Jan Plesl, Alois Janáček) a 13 bylo zbaveno poslaneckého mandátu. Pod záminkou školení tajemníků ČSL v Praze r. 1949 bylo ze služeb strany propuštěno téměř 40 okresních tajemníků. Mnoho lidovců emigrovalo a na Západě se zapojilo do protikomunistického odboje. Bývalí poslanci ČSL založili v emigraci skutečnou křesťansko-demokratickou stranu, která spolupracovala na založení Rady svobodného Československa a Středoevropské křesťansko-demokratické unie. V jižních Čechách se mnoho lidovců zabývalo vydáváním protikomunistických tiskovin, organizovali přechody do zahraničí a spojení se zahraničním odbojem.
J. Šrámek a F. Hála se pokusili v březnu 1948 o útěk na Západ. Útěk byl však špatně organizován a oba skončili ve vazbě a posléze v internaci. Čistkám akčních výborů se pokusilo postavit vedení moravských organizací v srpnu 1948. Kroměřížská konference ČSL se stala posledním oficiálním odsouzením komunistických praktik. Odpor byl veden pod dojmem určité samostatnosti ČSL, kterou živil její předseda, bývalý odborový předák křesťanskosociálních odborů A. Petr. Považoval se za zachránce ČSL a stavěl politiku lidové strany na křesťanskosociálních základech 19.stol. Jeho naděje, zpočátku živené i komunistickými sliby, se však ukázaly naprosto mylné. Komunisté po kroměřížské konferenci a orelské pouti v Hostýně předvedli, že nestrpí jakoukoliv opozici. Rozeběhly se další čistky v ČSL a strana se zmenšila na několik tisíc věrných a zlomených členů. Nový generální tajemník Eduard Hála byl za svoji vlažnou podporu komunistů a kritické vystoupení na konferenci odsouzen na 12 let. Rozeběhly se procesy se členy vymyšleného výboru křesťansko-demokratické strany, které byly záminkou k odstranění nepohodlných lidovců a zastrašení odbojných sedláků. Samostatná politika ČSL tak končí na dlouhé období 40 let.