Listopadové události r. 1989 nalezly ČSL plně připravenou zúčtovat s minulostí. Vedení Obrodného proudu vydalo prohlášení, že jedná jménem celé lidové strany a hlásí se plně k probíhající přeměně společnosti. Významnou úlohu sehrál deník Lidová demokracie, který se spolu se Svobodným slovem stal mluvčím protikomunistické opozice ve státě. Dne 26. 11. 1989 byl nucen ÚV ČSL pod nátlakem vedení Obrodného proudu a pražské organizace ČSL odstoupit a podal rezignaci. Předsedou strany byl zvolen J. Bartončík a ústředním tajemníkem R. Sacher. Přes nepochybnou zátěž své minulosti se tedy ČSL dokázala již před revolucí a v jejím průběhu vzchopit, nastoupit cestu ke své očistě a přihlásit se ke svému předválečnému určení strany křesťanské a demokratické. Tento rychlý přerod byl nepochybně důsledkem zásadního rozporu mezi komunistickou ideologií a křesťanským humanismem. ČSL byla první z tehdejších československých politických stran NF, ve které proběhl demokratizační přerod.
V rámci rekonstrukce ústředních orgánů se stal JUDr. Josef Bartončík místopředsedou FS, JUDr. Richard Sacher byl pověřen funkcí ministra vnitra federální vlády, ing. František Reichel se stal na krátkou dobu místopředsedou federální vlády.
Na duben 1990 byl do Prahy svolán první posttotalitní sjezd ČSL. Probíhal zcela pod dojmem porevolučního nadšení. Zaměřil se především na formulaci programových cílů obnovené strany a na přípravu programu pro červnové parlamentní volby. Na sjezdu byla pro tyto volby ustavena volební koalice s názvem Křesťanská a demokratická unie, zahrnující Československou stranu lidovou, Křesťanskodemokratickou stranu, Svobodnou rolnickou stranu a několik dalších menších subjektů.
Červnové volby přinesly členům a příznivcům ČSL velké zklamání. Způsobilo ho především obvinění dr. Bartončíka ze spolupráce s StB a publikace tohoto obvinění v době předvolebního agitačního moratoria. Tento akt výrazně ovlivnil výsledek parlamentních voleb ve prospěch široce pojatého, politicky nedefinovaného hnutí Občanského fóra.
Volební události výrazně poškodily i spojení ČSL s ostatními subjekty Křesťanské a demokratické unie, oslabily jejich spolupráci a vyvolaly ve straně vnitřní krizi. Zejména vztahy s Křesťanskodemokratickou stranou, která měla především díky svému zakladateli Václavu Bendovi blízko k disidentským kruhům, se výrazně ochladily. První reakce členů ČSL směřovaly jednak k oprávněnému odmítnutí postupu iniciátorů obvinění JUDr. Bartončíka (Jan Ruml, Václav Havel), jednak k poněkud nekritické obhajobě obviněného. Další vývoj ukázal, že tato obhajoba, stejně jako prokázání obvinění, není jednoduchou záležitostí, že klíč k obhajobě má především dr. Bartončík sám a že není možné, aby se další dění ve straně zastavilo na řešení této záležitosti. Brzy začalo být zřejmé i to, že StB pronikla v době totality prakticky do všech legálních i nelegálních struktur společnosti a že záznam v registru svazků nevypovídá nic o dobrovolnosti či nedobrovolnosti spolupráce ani o aktivitě registrovaných spolupracovníků. Diskuse o nezbytné ochraně státních funkcí před spolupracovníky StB nakonec vyústila ve FS ve schválení "karanténního opatření" - tzv. lustračního zákona, který na dobu 5ti let zakázal působení ve stanovených funkcích všem, kteří mají v registru svazků záznam o spolupráci s StB.
V prvních svobodných volbách získala ČSL 9 poslaneckých křesel ve Federálním shromáždění a 10 v České národní radě. Do federální vlády nedelegovala na protest proti nekorektnímu postupu představitelů vítězného Občanského fóra v době předvolebního agitačního moratoria žádného kandidáta. Ve vládě České republiky měla zpočátku dva zástupce (místopředsedu vlády - ing. Antonína Baudyše a ministra stavebnictví - ing. Ludvíka Motyčku), po zrušení ministerstva stavebnictví jen místopředsedu. Za této situace se stala těžištěm její politické práce činnost poslanců, kteří přispěli k prosazení významných restitučních, ekonomických i společenských zákonných norem směřujících k postupnému vytváření demokratického, tržně orientovaného státu. Díky úsilí poslanců ČSL byla do Listiny základních lidských práv zařazena i věta prohlašující, že "lidský život je hoden ochrany již před narozením", jednoznačnou podporu poskytli lidovečtí poslanci i lustračnímu zákonu.
Významným krokem směřujícím k vyřešení krize ve straně se stal mimořádný sjezd strany ve Žďáru nad Sázavou v září 1990, kde bylo zvoleno nové vedení strany. Předsedou strany se stal ing. Josef Lux. Na tomto sjezdu bylo také přijato usnesení o obnově zemské struktury strany.
Významného úspěchu dosáhla ČSL v komunálních volbách na podzim r. 1990. Ve velkých městech získala 3 místa primátorů (České Budějovice, Pardubice, Zlín) a 7 náměstků primátora, v okresních městech 8 starostů a 13 místostarostů. Z KDU-ČSL bylo vybráno také 7 přednostů a 3 zástupci přednosty v okresních úřadech. Celkem bylo na kandidátkách KDU-ČSL zvoleno 539 starostů obcí a 503 místostarostové.
V roce 1991 se uskutečnily ustavující sjezdy České a Moravskoslezské zemské organizace. Do čela ČZO byli zvoleni doc. ing. Antonín Baudyš (předseda) a MUDr. Antonín Brzek (místopředseda), předsedou MSZO se stal ing. Jaroslav Menšík, místopředsedou ing. arch. Karel Filka.
Řádný (předvolební) sjezd ČSL začátkem dubna 1992 proběhl ve dvou etapách (Jihlava, Prostějov). Schválil volební program a kandidáty pro parlamentní volby. Na sjezdu došlo ke sloučení ČSL s hnutím "Křesťanská a demokratická unie" (KDU), název strany byl změněn na Křesťanská a demokratická unie - Československá strana lidová (KDU-ČSL). Se změnou názvu strany nesouhlasila skupina asi 60ti delegátů, především z oblasti Zlínska, kteří ze sjezdu odešli a po jisté době založili nový subjekt s názvem Křesťansko - sociální hnutí. Tím skončily ve straně vnitřní (osobní) spory přívrženců JUDr. Bartončíka s novým vedením strany. Nesouhlas se změnou názvu a s programovou orientací strany, kterým JUDr. Bartončík a jeho přátelé svůj odchod z KDU-ČSL zdůvodnili, delegáti sjezdu nemohli respektovat, protože změnu názvu schválila výrazná většina delegátů a nikdo z protestující skupiny delegátů nepředložil sjezdu alternativní programový dokument ani návrhy na změny oficiálního sjezdového dokumentu. Předsedou strany byl na sjezdu opět zvolen ing. Josef Lux. Brzy po sjezdu se strana rozešla také s JUDr. Richardem Sacherem, který nerespektoval usnesení vedení strany, jednoznačně preferoval a při jednáních mimo stranu prezentoval především své osobní pohledy na projednávané politické události.
Schváleným programovým zaměřením se KDU-ČSL vrátila k politice pravého středu a zařadila se mezi ty evropské strany, které svoji politiku opírají o zásady křesťanské morálky a křesťanského humanismu. Východiskem této politiky je respektování svobody jednotlivce, důraz na zodpovědnost, která je s jeho svobodným jednáním spojena, úsilí o demokratizaci a humanizaci společnosti, péče o její všestranný kulturní a duchovní rozvoj, obnova vlastnických a tržních vztahů zahrnujících i nezbytná sociální a ekologická hlediska v ekonomice, snaha vybudovat právní stát zaručující osobní bezpečnost a rovná práva všem jeho občanům a tvořící organickou a svébytnou součást světového společenství národů a států.